מגנטותרפיה (או "טיפול במגנטים") הינה שיטת רפואה משלימה אשר משתמשת בשדות מגנטיים סטטיים. העקרון הוא כי חשיפת חלקים מסוימים בגוף לשדות מגנטוסטטיים על ידי מגנטים גורמת להשפעות חיוביות על הבריאות.
במהלך טיפול בשיטה מופעלים על הגוף שדות מגנטיים, כאלו אשר מופקים ממכשירים אלקטרומגנטיים (כלומר, בעלי חשמל מגנטי) או ממגנטים קבועים. מאחר ואין בגוף שום פעולה שאין מעורב בה כוח אלקטרו-מגנטי, המגנטים עשויים להשפיע בצורה כזו או אחרת על רוב התפקודים בגופנו (והדבר, מן הסתם, תלוי גם בעוצמת המגנט).
חשוב להבין שכל תא חי הוא למעשה אלקטרומגנטי בטבעו ובעצם אין שום פעולה בגוף האדם אשר קורית ללא פקודה חשמלית (רצונית או לא), מודעת או לא מודעת. ולגבי הדואליות בכח האלקטרו-מגנטי: היכן שיש זרם חשמלי – יווצר סביבו שדה מגנטי. כך שאם נעביר חומר מוליך דרך שדה מגנטי, יווצרו בו זרמים חשמליים. למשל, אם זורם דם (שהוא מוליך) בתוך שדה מגנטי, יווצרו סביב צינורות הדם זרמים חשמליים. זהו ביטוי לתכונה אשר נקראת "אפקט האל". כך שלפי לוגיקה זו, טיפול מגנטי עשוי להשפיע על החזרת מערכות שונות בגופנו לאיזון ואף לסייע לגוף להיטען באנרגיה. שוב, מן הסתם, הדבר יהיה תלוי בעוצמת המגנט. יתכן שמגנטים בעלי עוצמה חלשה יהיו נטולי אפקט.
הטיפול יעיל בהאצת זרימת הדם באזור המטופל והגברת חילוף החומרים, העלאת ההמוגלובין ומספר הכדוריות האדומות בדם וירידה בכולסטרול, עליה בלחץ החמצן בתאים, זירוז איחוי רקמות, ירידה בכמות הרדיקלים החופשיים ועלייה ברמת הבסיסיות של נוזלי הגוף (סביבה פחות נוחה להתפתחות מחוללי מחלות), שיפור בתפקוד ההורמונלי ובפעילות אנזימים אחרים בגוף.